Vielleicht wenn man die obere schließt, was aber zu umständlich ist, wenn man mehrere Stellungen analysieren will. Die Anleitung geht auf diesen speziellen Punkt nicht ein. Ich würde als Workaround alles erst mit der einen, und danach mit der anderen Engine analysieren statt parallel. Falls das den verfolgten Zweck erfüllt.
P.S. In Fritz funktioniert das Gewünschte via den Kontextmenüs in den jeweiligen Enginefenstern. Man kann sogar für jede Engine eigens den Analysemodus an- oder abschalten, Anzahl Varianten wählen usw.
[Event "?"]
[Site "?"]
[Date "2014.02.16"]
[Round "?"]
[White "New game"]
[Black "?"]
[Result "*"]
[ECO "A00"]
[PlyCount "8"]
1. e3 d6 2. Nf3 Bh3 3. Ng1 Bc8 4. Nf3 Bh3 $4 ({Houdini 1.5a x64:} 4... Nf6 5.
d4 g6 6. Nc3 Bg7 7. e4 O-O 8. Bd3 Nc6 9. O-O e5 10. dxe5 dxe5 11. Be3 Qe7 12.
Qe2 Be6 13. Rad1 Qb4 14. Nb5 Nxe4 15. Nxc7 {0.16/19}) ({Critter 1.6a 64-bit:}
4... e5 5. e4 f5 6. exf5 Bxf5 7. Nc3 Be7 8. h3 Nc6 9. d4 Nf6 10. Bb5 O-O 11.
Bxc6 bxc6 12. dxe5 dxe5 13. Qe2 Bd6 14. O-O Qe7 15. Re1 Rfe8 16. Be3 Red8 {0.
05/19}) *