Die größere Datei z.B. kann durch enthaltene Tabellen zustande kommen.
Rybka kam damals als neue Nr. 1 z.B. als eine sehr große Datei daher und später wurde bekannt, das dort große (ich glaube Figuren-, Bauern-, etc.) Tabellen enthalten waren.

Je nach Compiler hat Stockfish 3 eine andere Größe.
Für 64-Bit-compiles habe ich ermittelt für

TDM-GCC 4.7.1:         ca. 1030-1040 kB,
Visual C++ 2010:       ca.  490 kB und
Jim Ablett's compile:      336 kB.

Der Unterschied der auf Geschwindigkeit optimierten Varianten resultiert hier bei identischem Quellcode einerseits aus den verschiedenen Optimierungsstrategien der Compiler. Vor allem aber aus den hinzugefügten Bibliotheksfunktionen. GCC bindet eine Menge hinzu. Der Linker kann nicht benötigte Programmteile nicht besonders gut ausschließen. Microsoft kann das schon bedeutend besser. Am besten der von Jim Ablett verwendete Linker (von Intel?).

Die unterschiedliche Größe verschiedener Programm kann also schon durch die Verwendung verschiedener Programmiersprachen entstehen.

Gruß
Th. Plaschke