Das ist der eine Weg, der andere ist, du installierst eine zweite Engine mit einem Suffix an den Namen der Engine angehängt mit der richtigen Option beim Netz, ist natürlich noch umständlicher, hat nur dann einen Vorteil, wenn du hin und wieder aus irgendwelchen Gründen zwei verschiedene Settings derselben Engine gegeneinander spielen lassen willst, z.B. die mit dem FRC- Netz gegen die andere.

Und dann kannst du natürlich auch einfach in der .eng Datei der ersten Installation diese Zeile einfügen:

EvalFile=e1350.standard.nnue

Wenn du mehr als das beim Installieren verändert hast, dann zwischen den Threads und der Syzygy- Probe Depth.
Bei mir schaut z.B. die ganze .eng- Datei, was die Optionen angeht, so aus:

[OPTIONS]
UCI_Chess960=true
Threads=30
EvalFile=e1350.standard.nnue
SyzygyProbeDepth=0
AnalysisMode=false

Um zu erreichen, dass dieser letzte Eintrag auch schon durchs Installieren in der .eng steht, habe ich zuerst den default Analysis Mode auf checked geändert installiert und dann in der .eng von true auf false zurück editiert.
Solche Einträge haben eben den Vorteil, dass du schon beim Laden ein paar Optionen so hast, wie du sie am häufigsten haben willst.
Und wenn du mal das eine und mal das andere Netz schon beim Starten automatisch laden lassen willst, dann 2 Engines mit unterschiedlichem Namen und unterschiedlichen .eng- Dateien.