Naja, wenn du mehrere Verzweigungen pro Zug einstellst, kommen außer den besten halt auch die zweitbesten und ev. drittbesten Möglichkeiten in den Baum, und da nützt wahrscheinlich das Engerstellen des Suchfensters deshalb auch nicht (ebensowenig wie das "Abschneiden schlechter Varianten"), weil ein Matt in 3 halt auch nicht viel schlechter ist als ein #2, nur so als Beispiel. Was trotzdem stimmen müsste, wenn du der Engine überhaupt genug Zeit gegeben hast oder Suchtiefe (die ist oft tückisch einzuschätzen), ist die Hierarchie.
Ehrlich gesagt, müsste ich das selbst erst mal ausprobieren bei einem längeren Matt, wie sich da die Verzweigungen verhalten, ganz verstehe ich aber dein praktisches Problem nicht,
weil das Matt in zwei ja an und für sich schon auf einem deutlich schwächeren als dem besten Gegenzug beruhen muss, da hat schon was mit der Verzweigungszahl und dem Bewertungsfenster bei den Einstellungen am Anfang nicht gestimmt.
(Wäre die HV ein #2, bräuchtest du ja wohl keine automatische Stellungsanalyse mehr, du verstehst, was ich meine.
)

Auch darfst du, damit die Hierarchie stimmt und die Evals wengistens halbwegs, nach denen sie sich richtet, nicht zu einem Zeitpunkt manuell unterbrechen, wo die Engine gerade erst irgendein Fail High oder Low anfängt, aufzulösen.
Das ist das Hauptproblem mit der automatischen Fritz- Stellungsanalyse, mittendrin abbrechen kann die Hierarchie immer völlig falsch enden lassen, nämlich, wenn die (oft völlig uninteressanten) ersten Lines gerade mal ein paar Züge weit durch sind.
Vorher die Stellung einzuschätzen, wie lange insgesamt oder wieviele Lines einzeln wie lange und wie tief berechnet werden sollen, das ist die Kunst an der Sache, beim entsprechenen chessbase- (Datenbank- GUI)- Tool "Tiefe Analyse" ist das weniger anspruchsvoll.

Zu deiner eigentlichen Frage, wie ich das an und für sich mache, ist für mich persönlich leichter beantwortet, manuelles Forward- Backward ist durch nichts zu ersetzen, durch kein IdEA und durch kein chessbase- Datenbank-GUI- Tool, wenn du nämlich die Evals und die Verzweigungen, die automatisch generiert werden, dann ja sowieso erst wieder selbst vor dem PC anschauen musst, um zu sehen, was du wie verstehst oder eben nicht, und was du wie glaubwürdig findest.

Die Frage ist immer nur, was macht man zuerst, die automatische oder die manuelle Analyse, ich würde sagen, zuerst manuell, dann eventuell alle möglichen Automatismen, dann noch einmal manuell.

Im MV ein paar Lines Output einfügen (lassen), dann die, die dir relevant erscheinen, an den Verzweigungen, die dich hauptsächlich interessieren, jeweils so lange rechnen lassen, bis sie für deine eigenen Fragen, die du an die Zahl der Lines, die Längen und die Evals stellen willst, als Antwort ausreichen.

Dann im Backward dort, wo die Evals anders werden, als sie im Forward waren, neue Lines statt der alten einfügen, wieder vor und zurück.

Das Beste an der Methode: du siehst während der Arbeit erst so richtig, wieviel sie werden wird, danach kannst du dann auch eher an automatisches Backward einzelner Lines delegieren oder an Tools wie IdeA oder Fritz- Stellungsanalyse.

Kleine Thementurniere, ausschließlich von einer bestimmten Variantenlänge abgespeicherter Partien zwischen ein paar verschiedenen Engines können als Lieferanten von Lines, die man dann wieder rückwärts analysiert oder analyisieren lässt, auch sehr hilfreich sein.

Und das finde ich dann an der Fritz- Stellungsanalyse wieder das Beste, einen gut vordefinierten Variantenbaum automatisch analyisieren zu lassen, zwingt die Engine, die Varianten, die du selbst schon interessant gefunden hast und vorselektiert, mit in die Analyse einzubeziehen in der Länge, die du vorgibst, das kann IdEA nicht.

Und das spart Verzweigungen, die kannst du dir bei guten vorgeprüften Lines minimieren, in dem, was MV noch dazu bringen soll, eventuell überhaupt erst ab späteren Verzweigungen. Und wenn du nur das, was du schon hast, sortieren lassen willst, natürlich auch ein ganz enges Suchfenster definieren.

Die einzustellende Zeit bleibt trotzdem das am schwierigsten Einzuschätzende.

ich hab immer mehrere Tablets mit Droidfish und asmfish/cfish parat.

In wörtlicher Auslegung dessen würde sich ein simples Selbstspiel der Engine des Vertrauens anbieten. Das kann jedes gute Spielinterface(*), nur heißt es überall anders und/oder findet sich in anderen Menüs usw. Des weiteren kann es bei dieser Methode sein, daß sehr starke Engines schon im ersten Zug von einander abweichen...

*) manche Datenbankprogramme möglicherweise nicht